自来水厂消毒的主要方法有：
（1）漂白粉消毒：
漂白粉可以直接干粉抛洒或用水溶解后投加，操作简单，运行费用低，但效果最差，现在基本不用。
（2）液氯消毒：
用氯气钢瓶配套加氯机进行投加，液氯在水中能迅速产生次氯酸根离子。液氯中有效氯含量比次氯酸钠溶液高3.5倍，消毒能力强且价格便宜。但是这种方法对有些病毒、芽孢无效，残毒且产生臭味，使用安全性差，设备因腐蚀易发生泄漏事故。杀菌效果较差，且氯与水中有机物会生成有毒的致癌氯代有机物，现仍有大型水厂在使用。
（3）次氯酸钠消毒：
次氯酸钠发生器是电解食盐水产生次氯酸钠进行投加消毒，因设备寿命短，运行费用较高，使用效果较差。
（4）臭氧消毒：
通过臭氧发生器产生，杀菌效果好，但设备投资大，运行费用高，维护困难，没有持续杀菌能力，一般在出厂水中需补加其它含氯消毒剂，以保证管网末梢能测到余氯，使消毒剂在管网中具有持续杀菌能力。目前只有极少数水厂在用。用臭氧消毒制水成本大约为 0.05 元/吨水。
（5）紫外线消毒：
设备昂贵，运行费用很高，消毒效果一般，使用此方法消毒的水厂很少。